OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "organ", "-", "specific", "features", "of", "human", "kidney", "lymphatic", "##s", "are", "disrup", "ted", "in", "chronic", "transplant", "rejection", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphatic", "vessels", "maintain", "tissue", "fluid", "homeostasis", "and", "modulate", "inflammation", ",", "yet", "their", "spatial", "organization", "and", "molecular", "identity", "in", "the", "healthy", "human", "kidney", ",", "and", "how", "these", "change", "during", "chronic", "transplant", "rejection", ",", "remain", "poorly", "defined", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", ",", "we", "show", "that", "lymphatic", "capillaries", "initiate", "adjacent", "to", "cortical", "kidney", "tubules", "and", "lack", "smooth", "muscle", "coverage", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "these", "vessels", "exhibit", "an", "organ", "-", "specific", "molecular", "signature", ",", "enriched", "for", "ccl", "##14", ",", "dnase", "##1l", "##3", ",", "and", "md", "##k", ",", "with", "limited", "expression", "of", "canonical", "immune", "-", "trafficking", "markers", "found", "in", "other", "organ", "lymphatic", "##s", ",", "such", "as", "ly", "##ve", "##1", "and", "cxcl", "##8", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "allografts", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "lymphatic", "##s", "become", "disor", "gan", "##ized", "and", "infiltrate", "the", "medulla", ",", "with", "their", "endothelial", "junctions", "remodeling", "from", "a", "button", "-", "like", "to", "a", "continuous", ",", "zipper", "-", "like", ",", "architecture", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lymphatic", "##s", "in", "reject", "##ing", "kidneys", "localize", "around", "and", "interconn", "##ect", "tertiary", "lymphoid", "structures", "at", "different", "maturation", "stages", ",", "with", "altered", "intral", "##ymph", "##atic", "and", "peri", "##ly", "##mp", "##ha", "##tic", "cd4", "t", "cell", "distribution", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "infiltrating", "t", "cells", "express", "ifn", "-", "γ", ",", "which", "upregulates", "coi", "##nh", "##ib", "##itory", "ligands", "in", "lymphatic", "endothelial", "cells", ",", "including", "pvr", "and", "lg", "##als", "##9", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "simultaneously", ",", "lymphatic", "##s", "acquire", "hla", "class", "ii", "expression", "and", "exhibit", "c4", "##d", "deposition", ",", "consistent", "with", "allo", "antibod", "y", "binding", "and", "complement", "activation", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "together", ",", "these", "findings", "define", "the", "spatial", "and", "molecular", "features", "of", "human", "kidney", "lymphatic", "##s", ",", "revealing", "toler", "##ogenic", "reprogramming", "accompanied", "by", "structural", "perturbations", "during", "chronic", "transplant", "rejection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphatic", "##s", "are", "blind", "-", "ended", "vessels", "lined", "by", "lymphatic", "endothelial", "cells", "(", "lec", "##s", ")", ";", "they", "are", "responsible", "for", "clearing", "fluid", "and", "macromolecules", "from", "the", "microenvironment", "and", "play", "a", "critical", "role", "in", "maintaining", "tissue", "homeostasis", "(", "1", "–", "3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "during", "inflammation", ",", "lymphatic", "##s", "expand", "through", "lymphangi", "##ogenesis", "to", "facilitate", "leukocyte", "efflux", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "while", "their", "role", "and", "therapeutic", "potential", "in", "lymph", "##edema", "(", "4", ")", ",", "cardiov", "asc", "##ular", "disease", "(", "5", "–", "7", ")", ",", "cancer", "(", "8", ")", ",", "and", "neuropathology", "or", "neuroinflammation", "(", "9", ",", "10", ")", "are", "becoming", "increasingly", "recognized", ",", "these", "functions", "rely", "on", "organ", "-", "specific", "structural", "and", "molecular", "specialization", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "the", "kidney", ",", "lymphatic", "vasculature", "is", "considered", "an", "important", "entity", "in", "physiology", "and", "disease", "(", "11", "–", "14", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "epithelial", "nephron", "##s", "and", "their", "associated", "blood", "capillary", "networks", "(", "15", ")", "underlie", "plasma", "ultrafiltration", ",", "fluid", "homeostasis", ",", "and", "acid", "-", "base", "balance", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "contrast", ",", "although", "lymphatic", "##s", "appear", "in", "the", "human", "fetal", "kidney", "by", "the", "end", "of", "the", "first", "trimester", "(", "16", ")", ",", "their", "precise", "spatial", "organization", ",", "molecular", "identity", ",", "and", "cellular", "interactions", "remain", "poorly", "defined", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "kidney", "transplantation", ",", "the", "most", "common", "solid", "organ", "transplant", ",", "has", "excellent", "short", "-", "term", "outcomes", "but", "is", "limited", "long", "-", "term", "by", "chronic", "rejection", ",", "a", "major", "cause", "of", "late", "allograft", "failure", "(", "17", ",", "18", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "chronic", "rejection", ",", "driven", "by", "both", "t", "cell", "–", "mediated", "injury", "and", "/", "or", "donor", "-", "specific", "antibod", "ie", "##s", "targeting", "hla", ",", "results", "in", "microvascular", "injury", ",", "interstitial", "fibrosis", ",", "and", "tubular", "atrophy", "(", "19", ",", "20", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lymphatic", "##s", "serve", "as", "a", "route", "for", "trafficking", "of", "antigens", "and", "leukocytes", ",", "but", "their", "role", "in", "transplant", "immunity", "remains", "controversial", "(", "11", ",", "21", ",", "22", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lymphangi", "##ogenesis", "in", "kidney", "transplants", "(", "23", "–", "26", ")", "has", "been", "associated", "with", "promoting", "resolution", "of", "inflammation", "and", "improving", "allograft", "function", "(", "27", "–", "29", ")", "but", "also", "with", "allo", "##antigen", "presentation", "and", "fibrosis", "(", "30", ",", "31", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "contrasting", "findings", "underscore", "the", "need", "to", "better", "understand", "lymphatic", "remodeling", "in", "transplant", "rejection", "and", "how", "it", "diverg", "##es", "from", "other", "kidney", "pathologies", "featuring", "lymphangi", "##ogenesis", "(", "32", "–", "34", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "here", ",", "we", "used", "3d", "microscopy", "of", "optically", "cleared", "and", "immunolabeled", "tissue", ",", "in", "addition", "to", "single", "-", "cell", "rna", "-", "seq", "(", "scr", "##na", "-", "seq", ")", ",", "to", "map", "the", "spatial", "organization", "and", "molecular", "profile", "of", "lymphatic", "##s", "in", "the", "healthy", "human", "kidney", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "identified", "blind", "-", "ended", "lymphatic", "capillaries", "around", "cortical", "nephron", "segments", ",", "with", "a", "distinc", "t", "molecular", "signature", "compared", "with", "lec", "##s", "from", "other", "organs", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "in", "allografts", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "lymphatic", "vessels", "expanded", "into", "the", "medulla", "and", "were", "structurally", "disor", "gan", "##ized", ",", "with", "disrup", "ted", "lec", "-", "cell", "junctions", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "this", "setting", ",", "lymphatic", "##s", "surrounded", "tertiary", "lymphoid", "structures", ",", "with", "altered", "intral", "##ymph", "##atic", "and", "peri", "##ly", "##mp", "##ha", "##tic", "cd4", "t", "cell", "distribution", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "our", "molecular", "analyses", "suggest", "that", "lec", "##s", "are", "toler", "##ogenic", "and", "respond", "to", "t", "cell", "–", "derived", "ifn", "-", "γ", "by", "upregulating", "immune", "-", "inhibitory", "molecules", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "critically", ",", "lymphatic", "##s", "in", "reject", "##ing", "allografts", "also", "expressed", "hla", "class", "ii", "and", "exhibited", "complement", "4d", "(", "c4", "##d", ")", "deposition", ",", "indicative", "of", "allo", "antibod", "y", "binding", "(", "35", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", ",", "our", "findings", "revealed", "that", "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "chronic", "rejection", "adopt", "potentially", "compensatory", "toler", "##ogenic", "changes", "but", "are", "concurrently", "structurally", "perturbed", ",", "better", "defining", "their", "contributions", "to", "allo", "##immun", "##ity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "characterize", "lymphatic", "architecture", "in", "the", "healthy", "human", "kidney", ",", "we", "analyzed", "tissue", "samples", "from", "4", "deceased", "organ", "donors", "with", "minimal", "chronic", "damage", "(", "<", "10", "%", "interstitial", "fibrosis", "or", "tubular", "atrophy", ",", "supplemental", "table", "1", ";", "supplemental", "material", "available", "online", "with", "this", "article", ";", "https", ":", "/", "/", "doi", ".", "org", "/", "10", ".", "117", "##2", "/", "jc", "##i1", "##68", "##96", "##2d", "##s1", ")", "(", "36", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "intact", "tissue", "samples", "(", "<", "3", "mm", ")", "were", "immunolabeled", "using", "a", "d2", "-", "40", "monoclonal", "antibod", "y", "targeting", "pod", "##opl", "##anin", "(", "pd", "##pn", ")", "(", "37", ")", "and", "imaged", "using", "confocal", "or", "light", "-", "sheet", "fluorescence", "microscopy", "(", "ls", "##fm", ")", "(", "16", ",", "38", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pd", "##pn", "vessel", "networks", "were", "visualized", "in", "the", "human", "kidney", "cortex", "(", "figure", "1a", "and", "supplemental", "video", "1", ")", ",", "and", "antibod", "y", "-", "omitted", "controls", "displayed", "minimal", "autofluorescence", "or", "nonspecific", "binding", "(", "supplemental", "figure", "1a", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mapping", "vessel", "radius", "revealed", "a", "hierarchical", "network", ",", "with", "small", "lymphatic", "##s", "(", "radius", "~", "3", ".", "5", "μm", ")", "initiating", "in", "the", "cortex", "and", "converging", "into", "larger", "vessels", "(", "radius", "~", "50", "μm", ")", "at", "the", "cortic", "##omed", "##ullary", "junction", "(", "figure", "1b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "cells", "lining", "these", "vessels", "expressed", "prosp", "##ero", "homeobox", "protein", "1", "(", "prox", "##1", ")", "(", "figure", "1c", ")", ",", "a", "canonical", "lec", "transcription", "factor", "(", "39", ",", "40", ")", "but", "showed", "sparse", "expression", "of", "lymphatic", "vessel", "endothelial", "hyaluronan", "receptor", "1", "(", "ly", "##ve", "##1", ")", "(", "figure", "1d", ")", ",", "a", "glyco", "protein", "important", "for", "leukocyte", "entry", "into", "lymphatic", "##s", "(", "41", ")", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "elucidate", "the", "micro", "##anat", "##omical", "localization", "of", "lymphatic", "##s", "in", "the", "human", "kidney", ",", "auto", "##fluores", "##cent", "tissue", "signals", "were", "captured", "alongside", "pd", "##pn", "labeling", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "large", "cal", "##iber", "lymphatic", "##s", "were", "observed", "adjacent", "to", "arteries", "at", "the", "cortic", "##omed", "##ullary", "junction", "branching", "into", "smaller", "cortical", "vessels", "(", "supplemental", "video", "2", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "col", "##abe", "##ling", "with", "lot", "##us", "tetra", "##go", "##no", "##lo", "##bus", "lectin", "(", "lt", "##l", ",", "proximal", "tubules", ")", "and", "uro", "##mod", "##ulin", "(", "um", "##od", ",", "loop", "of", "hen", "##le", ")", "revealed", "pd", "##pn", "blind", "-", "ended", "lymphatic", "##s", "in", "the", "renal", "cortex", "(", "figure", "1e", "and", "supplemental", "video", "3", ")", "and", "their", "absence", "from", "the", "medulla", "(", "figure", "1f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "despite", "previous", "reports", "of", "subc", "##aps", "##ular", "lymphatic", "##s", "(", "42", ",", "43", ")", ",", "these", "were", "not", "detected", "in", "3d", "reconstructions", "(", "figure", "1g", ")", "or", "optical", "z", "-", "sections", "(", "supplemental", "figure", "1b", ")", ",", "even", "with", "the", "kidney", "capsule", "intact", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O" ]
[ "in", "the", "cortex", ",", "lymphatic", "##s", "followed", "ua", "##e", "-", "i", "arterioles", "toward", "glomeruli", "(", "figure", "1h", ")", ",", "extending", "terminal", "branches", "near", "mega", "##lin", "(", "lrp", "##2", ")", "proximal", "tubules", "(", "figure", "1i", ")", "and", "cal", "##bind", "##in", "1", "(", "cal", "##b1", ")", "distal", "nephron", "epithelium", "(", "figure", "1j", "and", "supplemental", "video", "4", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lymphatic", "##s", "converge", "##d", "toward", "the", "kidney", "hil", "##um", ",", "adjacent", "to", "medullary", "dol", "##ich", "##os", "bif", "##lor", "##us", "agglutin", "##in", "(", "dba", ")", "collecting", "ducts", "(", "figure", "1k", ")", "and", "um", "##od", "medullary", "tubules", "(", "supplemental", "figure", "1c", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "model", "summarizing", "these", "findings", "is", "presented", "in", "figure", "1", "l", ".", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "because", "of", "the", "rarity", "of", "lymphatic", "##s", "in", "the", "human", "kidney", "relative", "to", "other", "cell", "types", ",", "isolating", "sufficient", "lec", "##s", "for", "molecular", "profiling", "is", "challenging", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "sur", "##mo", "##unt", "this", ",", "we", "lever", "##aged", "published", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "59", "kidneys", ",", "supplemented", "with", "5", "new", "samples", "(", "supplemental", "figure", "2a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "integrated", "dataset", "comprised", "217", ",", "411", "human", "kidney", "cells", ",", "with", "151", ",", "038", "control", "samples", "(", "living", "donor", "biopsies", "or", "unaffected", "regions", "of", "tumour", "neph", "##rect", "##om", "##ies", ")", "and", "66", ",", "373", "cells", "from", "diseased", "samples", "(", "chronic", "kidney", "disease", ",", "ckd", ")", "and", "kidney", "allograft", "injury", ";", "covering", "both", "chronic", "rejection", "and", "non", "-", "allo", "##immune", "etiologies", ")", "(", "supplemental", "figure", "2b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "cell", "types", "were", "manually", "annotate", "d", "(", "supplemental", "figure", "2c", ")", ",", "revealing", "38", "clusters", "(", "figure", "2a", ")", ",", "including", "a", "transcriptionally", "distinc", "t", "lec", "cluster", "containing", "700", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "from", "control", "samples", ",", "we", "curate", "d", "a", "transcriptional", "signature", "of", "healthy", "kidney", "lymphatic", "##s", "(", "supplemental", "data", "1", ")", ",", "comprising", "227", "differentially", "expressed", "genes", "(", "degs", ")", "from", "295", "lec", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "these", "genes", "were", "enriched", "for", "gene", "ontology", "(", "go", ")", "terms", "associated", "with", "lymphatic", "fate", "commitment", "(", "go", ":", "006", "##08", "##38", ",", "fold", "-", "enrichment", ">", "100", ",", "fdr", "=", "1", ".", "66", "×", "10", ")", "and", "lymphangi", "##ogenesis", "(", "go", ":", "0001", "##94", "##6", ",", "fold", "-", "enrichment", "=", "67", ".", "4", ",", "fdr", "=", "8", ".", "37", "×", "10", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "canonical", "lec", "markers", "were", "identified", ",", "including", "prox", "##1", "(", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "97", ")", ",", "pd", "##pn", "(", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "65", ")", ",", "neurop", "##ilin", "2", "(", "nr", "##p2", ",", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "73", ")", ",", "and", "c", "-", "c", "motif", "ligand", "ccl2", "##1", "(", "log", "2", "fc", "=", "7", ".", "23", ")", "(", "figure", "2b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "also", "identified", "genes", "previously", "linked", "to", "kidney", "disease", "(", "44", "–", "46", ")", ",", "such", "as", "fatty", "acid", "binding", "protein", "4", "(", "fabp", "##4", ",", "log", "2", "fc", "=", "5", ".", "69", ")", ",", "tre", "##fo", "##il", "factor", "3", "(", "tf", "##f3", ",", "log", "2", "fc", "=", "5", ".", "58", ")", ",", "and", "angio", "##po", "##iet", "##in", "2", "(", "angpt", "##2", ",", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "46", ")", "(", "figure", "2b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "given", "the", "frequent", "use", "of", "prox", "##1", "and", "ly", "##ve", "##1", "to", "identify", "or", "target", "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "preclinical", "studies", "(", "11", ",", "14", ")", ",", "we", "examined", "their", "expression", "within", "the", "human", "kidney", "in", "more", "detail", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "prox", "##1", "was", "detected", "not", "only", "in", "lec", "##s", ",", "but", "also", "in", "loop", "of", "hen", "##le", "and", "distal", "conv", "##ol", "##uted", "tubule", "clusters", "(", "figure", "2b", ")", ",", "a", "finding", "validated", "by", "prox", "##1", "and", "e", "-", "cadherin", "(", "cdh1", ")", "immunolabeling", "of", "medullary", "tubules", "(", "figure", "2c", ")", "(", "47", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "contrast", "to", "mouse", "data", "(", "38", ",", "48", ")", ",", "prox", "##1", "was", "not", "detected", "in", "vas", "##a", "rect", "##a", "at", "both", "the", "transcript", "(", "figure", "2b", ")", "and", "protein", "level", "(", "figure", "2d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ly", "##ve", "##1", ",", "meanwhile", ",", "was", "expressed", "by", "macrophages", "(", "figure", "2e", ")", "as", "reported", "in", "mouse", "(", "49", ")", "and", "human", "kidneys", "(", "50", ")", ",", "and", "it", "was", "also", "detected", "in", "glomerular", "(", "figure", "2f", ")", "and", "peri", "##t", "##ub", "##ular", "capillary", "endothelium", "(", "supplemental", "figure", "1", ",", "d", "–", "e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "probe", "the", "phenotype", "of", "human", "kidney", "lymphatic", "##s", ",", "and", "whether", "the", "vessels", "we", "detected", "included", "smooth", "muscle", "–", "lined", "collecting", "vessels", "(", "51", ")", "as", "in", "the", "lungs", "(", "52", ")", "and", "skin", "and", "mes", "##enter", "##y", "(", "53", ")", ",", "we", "costa", "##ined", "kidneys", "for", "pd", "##pn", "and", "α", "-", "smooth", "muscle", "actin", "(", "acta", "##2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "both", "hil", "##um", "and", "cortex", "lacked", "smooth", "muscle", "coverage", "(", "figure", "2", ",", "g", "and", "h", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "corroborated", "this", "using", "subcl", "##uster", "##ing", "analysis", "of", "our", "scr", "##na", "-", "seq", "atlas", ",", "combining", "295", "lec", "##s", "from", "healthy", "kidney", "with", "157", "additional", "cells", "from", "a", "recent", "study", "(", "54", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "revealed", "2", "transcriptionally", "distinc", "t", "lec", "subcl", "##usters", "(", "figure", "2i", ")", ",", "which", "expressed", "lec", "capillary", "markers", "prox", "##1", ",", "pd", "##pn", ",", "and", "ccl2", "##1", "(", "figure", "2j", ")", "with", "sparse", "ly", "##ve", "##1", "expression", ",", "consistent", "with", "our", "imaging", "data", "(", "figure", "1d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "only", "rare", "cells", ",", "not", "specific", "for", "either", "subcl", "##uster", ",", "expressed", "molecular", "markers", "of", "lymphatic", "valve", "endothelial", "cells", ",", "gata", "##2", "and", "fox", "##c2", "(", "figure", "2j", ")", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "differential", "expression", "analysis", "between", "the", "2", "capillary", "subcl", "##usters", "identified", "129", "degs", "(", "supplemental", "data", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "one", "subcl", "##uster", "was", "enriched", "for", "adipose", "signaling", "peptide", "neurot", "##ensin", "(", "nts", ",", "log", "2", "fc", "=", "3", ".", "60", ")", "(", "55", ")", ",", "and", "the", "other", "expressed", "ccl2", "(", "log", "2", "fc", "=", "3", ".", "30", ")", ",", "cxcl", "##2", "(", "log", "2", "fc", "=", "4", ".", "22", ")", ",", "and", "icam", "##1", "(", "log", "2", "fc", "=", "4", ".", "15", ")", "(", "figure", "2k", ")", ",", "indicative", "of", "capillaries", "involved", "in", "immune", "cell", "egr", "##ess", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "investigate", "if", ",", "akin", "to", "their", "blood", "vascular", "counterparts", ",", "kidney", "lymphatic", "##s", "possess", "an", "organ", "-", "specific", "signature", "(", "56", ",", "57", ")", ",", "we", "created", "a", "multi", "##organ", "human", "lec", "atlas", "by", "integrating", "our", "45", "##2", "kidney", "lec", "##s", "with", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "of", "lec", "##s", "from", "other", "organs", ",", "including", "skin", "(", "n", "=", "4", ",", "76", "##5", "cells", ")", "(", "58", ")", ",", "breast", "(", "n", "=", "4", ",", "99", "##1", ")", "(", "59", ")", ",", "heart", "(", "n", "=", "432", ")", "(", "60", ",", "61", ")", ",", "lung", "(", "n", "=", "1", ",", "89", "##1", ")", "(", "62", ")", ",", "and", "small", "and", "large", "intestine", "(", "n", "=", "46", "##2", "and", "47", "##1", ",", "respectively", ")", "(", "63", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "final", "dataset", "encompassed", "13", ",", "454", "lec", "##s", "from", "19", "anatomical", "sites", "(", "supplemental", "figure", "3a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "resolved", "5", "transcriptionally", "distinc", "t", "subcl", "##usters", "(", "figure", "3a", "and", "supplemental", "data", "3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "four", "subcl", "##usters", "expressed", "lymphatic", "capillary", "markers", "ccl2", "##1", "and", "ly", "##ve", "##1", ",", "while", "the", "fifth", "expressed", "lymphatic", "valve", "markers", "fox", "##c2", "and", "integrin", "alpha", "9", "(", "itg", "##a", "##9", ")", "(", "supplemental", "figure", "3b", ")", "(", "64", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "visceral", "organ", "–", "derived", "lec", "##s", "(", "kidney", ",", "heart", ",", "lung", ",", "intestines", ")", "were", "predominantly", "grouped", "within", "1", "subcl", "##uster", "(", "lec", "1", ")", ",", "whereas", "breast", "lymphatic", "##s", "were", "found", "in", "lec", "1", ",", "lec", "2", ",", "and", "lec", "3", ",", "and", "skin", "lymphatic", "##s", "in", "lec", "2", ",", "lec", "3", ",", "and", "lec", "4", "(", "figure", "3b", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "spatial", "segregation", "was", "reflected", "in", "predicted", "transcription", "factor", "activity", "(", "supplemental", "figure", "3c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "comparative", "analysis", "(", "supplemental", "data", "4", ")", "identified", "118", "degs", "upregulated", "in", "kidney", "lec", "##s", "compared", "with", "other", "organs", "(", "figure", "3c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "top", "kidney", "lymphatic", "-", "enriched", "genes", "included", "dnase", "##1l", "##3", "(", "log", "2", "fc", "=", "3", ".", "77", ",", "p", "=", "3", ".", "24", "×", "10", ")", ",", "the", "chemok", "ine", "ccl", "##14", "(", "log", "2", "fc", "=", "3", ".", "03", ",", "p", "=", "7", ".", "00", "×", "10", ")", ",", "the", "netrin", "receptor", "unc", "##5b", "(", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "26", ",", "p", "=", "9", ".", "65", "×", "10", ")", ",", "the", "growth", "factor", "mid", "##kine", "(", "md", "##k", ",", "log", "2", "fc", "=", "1", ".", "98", ",", "p", "=", "5", ".", "56", "×", "10", ")", ",", "and", "the", "anti", "-", "protease", "α2", "macro", "##globulin", "(", "a2", "##m", ",", "log", "2", "fc", "=", "1", ".", "80", ",", "p", "=", "4", ".", "00", "×", "10", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "most", "of", "these", "genes", "were", "also", "expressed", "by", "blood", "endoth", "##elia", "in", "the", "kidney", ",", "whereas", "a2", "##m", "was", "also", "expressed", "by", "stromal", "cells", "(", "supplemental", "figure", "3d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "among", "the", "251", "degs", "with", "lower", "expression", "in", "kidney", "lec", "##s", "compared", "with", "those", "from", "other", "organs", "(", "figure", "3d", ")", "were", "ly", "##ve", "##1", "and", "the", "major", "neutrophil", "chemoat", "tract", "##ant", "cxcl", "##8", "(", "65", ")", ",", "the", "latter", "of", "which", "was", "also", "absent", "from", "heart", ",", "lung", ",", "and", "intestinal", "lec", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "conversely", ",", "lec", "##s", "in", "these", "visceral", "organs", "expressed", "the", "alarm", "##in", "cytokine", "il", "##33", "(", "66", ")", ",", "which", "was", "reduced", "in", "lymphatic", "##s", "of", "the", "skin", "and", "breast", "(", "figure", "3d", "and", "supplemental", "figure", "3e", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "provide", "pathological", "context", "to", "the", "kidney", "lymphatic", "degs", ",", "we", "examined", "their", "expression", "in", "neph", "##rose", "##q", ",", "a", "gene", "expression", "database", "of", "kidney", "diseases", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "dnase", "##1l", "##3", "was", "significantly", "upregulated", "in", "the", "tubul", "##o", "interstitium", "of", "patients", "with", "lupus", "nephritis", "(", "n", "=", "31", ")", "compared", "with", "controls", "(", "n", "=", "8", ",", "mean", "difference", "in", "log", "2", "express", "##io", "n", "=", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "34", "–", "1", ".", "9", ",", "p", "=", "0", ".", "001", "##3", ")", "(", "figure", "3e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "conversely", ",", "md", "##k", "was", "significantly", "upregulated", "in", "several", "inflammatory", "and", "metabolic", "kidney", "diseases", ",", "except", "for", "minimal", "change", "disease", "(", "figure", "3f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "collectively", ",", "our", "analyses", "demonstrated", "that", "kidney", "lec", "##s", "have", "an", "organ", "-", "specific", "molecular", "profile", ",", "enriched", "for", "dnase", "##1l", "##3", ",", "md", "##k", ",", "and", "ccl", "##14", ",", "with", "reduced", "expression", "of", "canonical", "immune", "trafficking", "markers", "such", "as", "ly", "##ve", "##1", "and", "cxcl", "##8", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphangi", "##ogenesis", "has", "been", "observed", "during", "transplant", "rejection", "in", "both", "rodent", "models", "(", "23", ",", "25", ",", "31", ",", "67", ")", "and", "humans", "(", "24", ",", "26", "–", "28", ")", ",", "but", "whether", "this", "is", "protective", "or", "promotes", "allo", "##immun", "##ity", "remains", "unclear", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "investigate", "this", "in", "the", "human", "context", ",", "we", "profiled", "kidney", "transplants", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "a", "setting", "in", "which", "both", "donor", "-", "specific", "antibod", "ie", "##s", "and", "t", "cells", "target", "hla", "molecular", "expressed", "on", "tubular", "epithelial", "and", "blood", "endothelial", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "we", "analyzed", "3", "allografts", "with", "histological", "features", "consistent", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "including", "t", "cell", "–", "and", "antibod", "y", "-", "mediated", "injury", "(", "supplemental", "table", "2", ")", ",", "and", "compared", "them", "with", "control", "kidneys", "obtained", "from", "nontrans", "##plant", "##ed", "donor", "organs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "in", "reject", "##ing", "allografts", ",", "the", "lymphatic", "vascular", "network", "exhibited", "marked", "disor", "gan", "##ization", ",", "with", "loss", "of", "the", "hierarchical", "structure", "observed", "in", "controls", "(", "figure", "4a", ")", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "quantitative", "analysis", "revealed", "a", "7", "-", "fold", "increase", "in", "mean", "lymphatic", "vessel", "density", "(", "95", ".", "12", "±", "49", ".", "21", "vs", ".", "690", ".", "3", "±", "121", ".", "6", "vessels", "/", "mm", ",", "p", "=", "0", ".", "001", "##4", ")", ",", "accompanied", "by", "reductions", "in", "the", "distribution", "of", "vessel", "lengths", "(", "median", "difference", "=", "132", "vs", ".", "68", ".", "4", "μm", ",", "p", "=", "0", ".", "0001", ")", ",", "vessel", "radius", "(", "9", ".", "05", "vs", ".", "4", ".", "9", "μm", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ",", "and", "branching", "angle", "(", "112", "versus", "103", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", "(", "figure", "4b", "and", "supplemental", "videos", "5", "and", "6", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "notably", ",", "lymphatic", "vessels", "also", "infiltrated", "the", "allograft", "medulla", ",", "a", "region", "devoid", "of", "lymphatic", "##s", "in", "healthy", "kidneys", "(", "figure", "4", ",", "c", "and", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lec", "-", "cell", "junctions", "are", "key", "regulators", "of", "immune", "cell", "trafficking", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "homeostasis", ",", "these", "junctions", "form", "discontinuous", "“", "button", "-", "like", "”", "structures", "that", "facilitate", "leukocyte", "entry", "into", "lymphatic", "##s", ",", "whereas", "during", "chronic", "inflammation", ",", "they", "transition", "into", "continuous", "“", "zipper", "-", "like", "”", "formation", "##s", "that", "impair", "lymphatic", "drainage", "(", "68", "–", "70", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "given", "the", "accumulation", "of", "infiltrating", "lymphocytes", "in", "chronically", "reject", "##ing", "grafts", "(", "71", "–", "73", ")", ",", "we", "hypothesized", "that", "altered", "lymphatic", "junctional", "architecture", "might", "be", "a", "feature", "of", "rejection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "assess", "this", ",", "we", "immunostained", "for", "vascular", "endothelial", "cadherin", "(", "cdh", "##5", ")", ",", "a", "key", "component", "of", "endothelial", "junctions", "(", "supplemental", "video", "7", ")", ",", "and", "used", "pd", "##pn", "to", "disting", "ui", "##sh", "lymphatic", "##s", "from", "blood", "vessels", "(", "supplemental", "figure", "4", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "discontinuous", "cdh", "##5", "lec", "junctions", "were", "quantified", "in", "both", "control", "(", "figure", "4e", ")", "and", "chronic", "rejection", "(", "figure", "4f", ")", "samples", ",", "and", "values", "were", "normalized", "to", "total", "lymphatic", "network", "volume", "(", "figure", "4g", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "observed", "a", "reduction", "in", "disconn", "##ected", "(", "button", "-", "like", ")", "junctions", "in", "reject", "##ing", "allografts", "compared", "with", "controls", "(", "figure", "4h", ",", "mean", "difference", "=", "2", ".", "7", "×", "10", "±", "7", ".", "3", "×", "10", "cdh", "##5", "junctions", "per", "mm", "lymphatic", "vessel", ")", ",", "consistent", "with", "a", "shift", "toward", "a", "zipper", "-", "like", "configuration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "given", "the", "structural", "perturbation", "of", "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "reject", "##ing", "allografts", ",", "we", "next", "examined", "their", "spatial", "relationship", "to", "organized", "immune", "responses", "within", "chronic", "rejection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "hallmark", "of", "allo", "##immun", "##ity", "is", "the", "formation", "of", "tertiary", "lymphoid", "structures", "(", "tls", "##s", ")", ",", "ectopic", "lymph", "node", "–", "like", "aggregation", "##s", "of", "t", "cells", "and", "b", "cells", ",", "where", "follicular", "dcs", "and", "high", "endothelial", "ven", "##ules", "(", "hev", "##s", ")", "also", "develop", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "tls", "##s", "facilitate", "local", "antigen", "presentation", "and", "lymphocyte", "activation", ",", "and", "they", "have", "been", "associated", "with", "progressive", "graft", "injury", "and", "dysfunction", "(", "74", "–", "79", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "using", "tripl", "e", "immunolabeling", ",", "we", "found", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "were", "observed", "close", "to", "cd4", "t", "cell", "–", "and", "cd20", "b", "cell", "–", "rich", "aggregates", "(", "figure", "5a", ")", "in", "3", "reject", "##ing", "allografts", ",", "consistent", "with", "previous", "reports", "(", "26", "–", "28", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "assess", "the", "relationship", "between", "lymphatic", "##s", "and", "tls", "maturation", ",", "we", "examined", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "relative", "to", "cd2", "##1", "follicular", "dcs", "and", "peripheral", "lymph", "node", "address", "##in", "(", "pna", "##d", ")", "hev", "##s", ",", "the", "latter", "serving", "as", "a", "marker", "of", "mature", "tls", "(", "67", ",", "80", ",", "81", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "lymphatic", "network", "in", "reject", "##ing", "allografts", "interconnected", "multiple", "mature", "tls", "##s", "containing", "hev", "##s", "(", "figure", "5b", "and", "supplemental", "video", "8", ")", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "such", "connections", "were", "not", "detected", "between", "cd31", "vessels", "(", "supplemental", "figure", "5a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "spatiotemporal", "analysis", "revealed", "that", "all", "identified", "tls", "##s", "were", "near", "lymphatic", "vessels", "(", "figure", "5c", ")", "(", "n", "=", "9", "/", "9", ",", "100", "%", ")", ",", "whereas", "only", "half", "contained", "hev", "##s", "(", "n", "=", "5", "/", "9", ",", "55", ".", "6", "%", ",", "p", "=", "0", ".", "023", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "mature", "tls", "##s", "with", "hev", "##s", ",", "pd", "##pn", "lec", "##s", "were", "significantly", "closer", "to", "the", "tls", "core", "than", "hev", "##s", "(", "figure", "5d", ",", "mean", "distance", "=", "49", ".", "53", "±", "23", ".", "83", "μm", "vs", ".", "109", ".", "6", "±", "25", ".", "13", "μm", ",", "95", "%", "ci", "=", "24", ".", "33", "–", "95", ".", "76", ",", "p", "=", "0", ".", "004", "##7", ")", ",", "suggesting", "that", "lymphatic", "##s", "are", "an", "early", "feature", "of", "tls", "organization", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "explore", "lymphatic", "-", "lymphocyte", "relationships", "beyond", "defined", "tls", "regions", ",", "we", "performed", "3d", "imaging", "and", "spatial", "quantification", "of", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "relative", "to", "cd20", "b", "cells", "and", "cd4", "t", "cells", "(", "figure", "6", ",", "a", "and", "b", ",", "and", "supplemental", "video", "9", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "intraluminal", "cd20", "b", "cell", "density", "was", "reduced", "by", "half", "in", "reject", "##ing", "allografts", "compared", "with", "controls", "(", "figure", "6c", ")", ",", "although", "total", "b", "cell", "numbers", "were", "equivocal", ",", "suggesting", "that", "this", "reflects", "increased", "lymphatic", "volume", "rather", "than", "changes", "in", "b", "cell", "abundance", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "contrast", ",", "total", "intraluminal", "cd4", "t", "cells", "increased", "in", "reject", "##ing", "kidneys", ",", "with", "a", "3", "-", "fold", "increase", "in", "cd4", "t", "cell", "density", "(", "figure", "6d", ")", "relative", "to", "controls", ",", "a", "markedly", "higher", "density", "than", "was", "detected", "in", "the", "surrounding", "allograft", "parenchyma", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "further", "assess", "how", "lymphocyte", "position", "relative", "to", "lymphatic", "##s", "is", "altered", "in", "rejection", ",", "we", "performed", "spatial", "statistical", "analysis", ",", "by", "computing", "a", "normalized", "distance", "metric", "for", "each", "b", "cell", "(", "figure", "6e", ")", "and", "t", "cell", "(", "figure", "6f", ")", "to", "its", "nearest", "lymphatic", "vessel", ",", "and", "comparing", "this", "to", "a", "null", "model", "of", "random", "spatial", "distribution", "(", "82", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cd20", "b", "cells", "showed", "no", "significant", "spatial", "association", "with", "lymphatic", "##s", "in", "either", "control", "kidneys", "(", "n", "=", "70", "##3", "cells", ";", "p", "=", "0", ".", "63", "##1", ")", "or", "reject", "##ing", "allografts", "(", "n", "=", "2", ",", "96", "##3", "cells", ";", "p", "=", "0", ".", "326", ")", "(", "figure", "6g", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "cd4", "t", "cells", "(", "n", "=", "2", ",", "149", "cells", "across", "2", "controls", ")", "had", "a", "peak", "distribution", "within", "0", "–", "100", "μm", "from", "the", "nearest", "lymphatic", "vessel", "and", "were", "significantly", "enriched", "near", "lymphatic", "vessels", "compared", "with", "a", "random", "distribution", "(", "p", "=", "0", ".", "029", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "association", "was", "lost", "in", "reject", "##ing", "allografts", "(", "n", "=", "4", ",", "382", "cells", ",", "p", "=", "0", ".", "69", "##9", ")", "(", "figure", "6h", ")", ",", "indicating", "disrup", "ted", "t", "cell", "–", "lymphatic", "proximity", "in", "the", "context", "of", "chronic", "rejection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "having", "established", "that", "lymphatic", "##s", "are", "structurally", "perturbed", "and", "spatially", "associated", "with", "immune", "aggregates", "in", "chronic", "rejection", ",", "we", "next", "investigated", "whether", "lec", "##s", "in", "this", "setting", "exhibit", "an", "altered", "molecular", "profile", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "organ", "-", "specific", "features", "of", "human", "kidney", "lymphatic", "##s", "are", "disrup", "ted", "in", "chronic", "transplant", "rejection", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphatic", "vessels", "maintain", "tissue", "fluid", "homeostasis", "and", "modulate", "inflammation", ",", "yet", "their", "spatial", "organization", "and", "molecular", "identity", "in", "the", "healthy", "human", "kidney", ",", "and", "how", "these", "change", "during", "chronic", "transplant", "rejection", ",", "remain", "poorly", "defined", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", ",", "we", "show", "that", "lymphatic", "capillaries", "initiate", "adjacent", "to", "cortical", "kidney", "tubules", "and", "lack", "smooth", "muscle", "coverage", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "these", "vessels", "exhibit", "an", "organ", "-", "specific", "molecular", "signature", ",", "enriched", "for", "ccl", "##14", ",", "dnase", "##1l", "##3", ",", "and", "md", "##k", ",", "with", "limited", "expression", "of", "canonical", "immune", "-", "trafficking", "markers", "found", "in", "other", "organ", "lymphatic", "##s", ",", "such", "as", "ly", "##ve", "##1", "and", "cxcl", "##8", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "allografts", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "lymphatic", "##s", "become", "disor", "gan", "##ized", "and", "infiltrate", "the", "medulla", ",", "with", "their", "endothelial", "junctions", "remodeling", "from", "a", "button", "-", "like", "to", "a", "continuous", ",", "zipper", "-", "like", ",", "architecture", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lymphatic", "##s", "in", "reject", "##ing", "kidneys", "localize", "around", "and", "interconn", "##ect", "tertiary", "lymphoid", "structures", "at", "different", "maturation", "stages", ",", "with", "altered", "intral", "##ymph", "##atic", "and", "peri", "##ly", "##mp", "##ha", "##tic", "cd4", "t", "cell", "distribution", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "infiltrating", "t", "cells", "express", "ifn", "-", "γ", ",", "which", "upregulates", "coi", "##nh", "##ib", "##itory", "ligands", "in", "lymphatic", "endothelial", "cells", ",", "including", "pvr", "and", "lg", "##als", "##9", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "simultaneously", ",", "lymphatic", "##s", "acquire", "hla", "class", "ii", "expression", "and", "exhibit", "c4", "##d", "deposition", ",", "consistent", "with", "allo", "antibod", "y", "binding", "and", "complement", "activation", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "together", ",", "these", "findings", "define", "the", "spatial", "and", "molecular", "features", "of", "human", "kidney", "lymphatic", "##s", ",", "revealing", "toler", "##ogenic", "reprogramming", "accompanied", "by", "structural", "perturbations", "during", "chronic", "transplant", "rejection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphatic", "##s", "are", "blind", "-", "ended", "vessels", "lined", "by", "lymphatic", "endothelial", "cells", "(", "lec", "##s", ")", ";", "they", "are", "responsible", "for", "clearing", "fluid", "and", "macromolecules", "from", "the", "microenvironment", "and", "play", "a", "critical", "role", "in", "maintaining", "tissue", "homeostasis", "(", "1", "–", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "during", "inflammation", ",", "lymphatic", "##s", "expand", "through", "lymphangi", "##ogenesis", "to", "facilitate", "leukocyte", "efflux", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "while", "their", "role", "and", "therapeutic", "potential", "in", "lymph", "##edema", "(", "4", ")", ",", "cardiov", "asc", "##ular", "disease", "(", "5", "–", "7", ")", ",", "cancer", "(", "8", ")", ",", "and", "neuropathology", "or", "neuroinflammation", "(", "9", ",", "10", ")", "are", "becoming", "increasingly", "recognized", ",", "these", "functions", "rely", "on", "organ", "-", "specific", "structural", "and", "molecular", "specialization", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "the", "kidney", ",", "lymphatic", "vasculature", "is", "considered", "an", "important", "entity", "in", "physiology", "and", "disease", "(", "11", "–", "14", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "epithelial", "nephron", "##s", "and", "their", "associated", "blood", "capillary", "networks", "(", "15", ")", "underlie", "plasma", "ultrafiltration", ",", "fluid", "homeostasis", ",", "and", "acid", "-", "base", "balance", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "contrast", ",", "although", "lymphatic", "##s", "appear", "in", "the", "human", "fetal", "kidney", "by", "the", "end", "of", "the", "first", "trimester", "(", "16", ")", ",", "their", "precise", "spatial", "organization", ",", "molecular", "identity", ",", "and", "cellular", "interactions", "remain", "poorly", "defined", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "kidney", "transplantation", ",", "the", "most", "common", "solid", "organ", "transplant", ",", "has", "excellent", "short", "-", "term", "outcomes", "but", "is", "limited", "long", "-", "term", "by", "chronic", "rejection", ",", "a", "major", "cause", "of", "late", "allograft", "failure", "(", "17", ",", "18", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "chronic", "rejection", ",", "driven", "by", "both", "t", "cell", "–", "mediated", "injury", "and", "/", "or", "donor", "-", "specific", "antibod", "ie", "##s", "targeting", "hla", ",", "results", "in", "microvascular", "injury", ",", "interstitial", "fibrosis", ",", "and", "tubular", "atrophy", "(", "19", ",", "20", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lymphatic", "##s", "serve", "as", "a", "route", "for", "trafficking", "of", "antigens", "and", "leukocytes", ",", "but", "their", "role", "in", "transplant", "immunity", "remains", "controversial", "(", "11", ",", "21", ",", "22", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lymphangi", "##ogenesis", "in", "kidney", "transplants", "(", "23", "–", "26", ")", "has", "been", "associated", "with", "promoting", "resolution", "of", "inflammation", "and", "improving", "allograft", "function", "(", "27", "–", "29", ")", "but", "also", "with", "allo", "##antigen", "presentation", "and", "fibrosis", "(", "30", ",", "31", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "contrasting", "findings", "underscore", "the", "need", "to", "better", "understand", "lymphatic", "remodeling", "in", "transplant", "rejection", "and", "how", "it", "diverg", "##es", "from", "other", "kidney", "pathologies", "featuring", "lymphangi", "##ogenesis", "(", "32", "–", "34", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "here", ",", "we", "used", "3d", "microscopy", "of", "optically", "cleared", "and", "immunolabeled", "tissue", ",", "in", "addition", "to", "single", "-", "cell", "rna", "-", "seq", "(", "scr", "##na", "-", "seq", ")", ",", "to", "map", "the", "spatial", "organization", "and", "molecular", "profile", "of", "lymphatic", "##s", "in", "the", "healthy", "human", "kidney", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "identified", "blind", "-", "ended", "lymphatic", "capillaries", "around", "cortical", "nephron", "segments", ",", "with", "a", "distinc", "t", "molecular", "signature", "compared", "with", "lec", "##s", "from", "other", "organs", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "in", "allografts", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "lymphatic", "vessels", "expanded", "into", "the", "medulla", "and", "were", "structurally", "disor", "gan", "##ized", ",", "with", "disrup", "ted", "lec", "-", "cell", "junctions", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "this", "setting", ",", "lymphatic", "##s", "surrounded", "tertiary", "lymphoid", "structures", ",", "with", "altered", "intral", "##ymph", "##atic", "and", "peri", "##ly", "##mp", "##ha", "##tic", "cd4", "t", "cell", "distribution", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "our", "molecular", "analyses", "suggest", "that", "lec", "##s", "are", "toler", "##ogenic", "and", "respond", "to", "t", "cell", "–", "derived", "ifn", "-", "γ", "by", "upregulating", "immune", "-", "inhibitory", "molecules", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "critically", ",", "lymphatic", "##s", "in", "reject", "##ing", "allografts", "also", "expressed", "hla", "class", "ii", "and", "exhibited", "complement", "4d", "(", "c4", "##d", ")", "deposition", ",", "indicative", "of", "allo", "antibod", "y", "binding", "(", "35", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", ",", "our", "findings", "revealed", "that", "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "chronic", "rejection", "adopt", "potentially", "compensatory", "toler", "##ogenic", "changes", "but", "are", "concurrently", "structurally", "perturbed", ",", "better", "defining", "their", "contributions", "to", "allo", "##immun", "##ity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "characterize", "lymphatic", "architecture", "in", "the", "healthy", "human", "kidney", ",", "we", "analyzed", "tissue", "samples", "from", "4", "deceased", "organ", "donors", "with", "minimal", "chronic", "damage", "(", "<", "10", "%", "interstitial", "fibrosis", "or", "tubular", "atrophy", ",", "supplemental", "table", "1", ";", "supplemental", "material", "available", "online", "with", "this", "article", ";", "https", ":", "/", "/", "doi", ".", "org", "/", "10", ".", "117", "##2", "/", "jc", "##i1", "##68", "##96", "##2d", "##s1", ")", "(", "36", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "intact", "tissue", "samples", "(", "<", "3", "mm", ")", "were", "immunolabeled", "using", "a", "d2", "-", "40", "monoclonal", "antibod", "y", "targeting", "pod", "##opl", "##anin", "(", "pd", "##pn", ")", "(", "37", ")", "and", "imaged", "using", "confocal", "or", "light", "-", "sheet", "fluorescence", "microscopy", "(", "ls", "##fm", ")", "(", "16", ",", "38", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "pd", "##pn", "vessel", "networks", "were", "visualized", "in", "the", "human", "kidney", "cortex", "(", "figure", "1a", "and", "supplemental", "video", "1", ")", ",", "and", "antibod", "y", "-", "omitted", "controls", "displayed", "minimal", "autofluorescence", "or", "nonspecific", "binding", "(", "supplemental", "figure", "1a", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mapping", "vessel", "radius", "revealed", "a", "hierarchical", "network", ",", "with", "small", "lymphatic", "##s", "(", "radius", "~", "3", ".", "5", "μm", ")", "initiating", "in", "the", "cortex", "and", "converging", "into", "larger", "vessels", "(", "radius", "~", "50", "μm", ")", "at", "the", "cortic", "##omed", "##ullary", "junction", "(", "figure", "1b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "cells", "lining", "these", "vessels", "expressed", "prosp", "##ero", "homeobox", "protein", "1", "(", "prox", "##1", ")", "(", "figure", "1c", ")", ",", "a", "canonical", "lec", "transcription", "factor", "(", "39", ",", "40", ")", "but", "showed", "sparse", "expression", "of", "lymphatic", "vessel", "endothelial", "hyaluronan", "receptor", "1", "(", "ly", "##ve", "##1", ")", "(", "figure", "1d", ")", ",", "a", "glyco", "protein", "important", "for", "leukocyte", "entry", "into", "lymphatic", "##s", "(", "41", ")", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "elucidate", "the", "micro", "##anat", "##omical", "localization", "of", "lymphatic", "##s", "in", "the", "human", "kidney", ",", "auto", "##fluores", "##cent", "tissue", "signals", "were", "captured", "alongside", "pd", "##pn", "labeling", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "large", "cal", "##iber", "lymphatic", "##s", "were", "observed", "adjacent", "to", "arteries", "at", "the", "cortic", "##omed", "##ullary", "junction", "branching", "into", "smaller", "cortical", "vessels", "(", "supplemental", "video", "2", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "col", "##abe", "##ling", "with", "lot", "##us", "tetra", "##go", "##no", "##lo", "##bus", "lectin", "(", "lt", "##l", ",", "proximal", "tubules", ")", "and", "uro", "##mod", "##ulin", "(", "um", "##od", ",", "loop", "of", "hen", "##le", ")", "revealed", "pd", "##pn", "blind", "-", "ended", "lymphatic", "##s", "in", "the", "renal", "cortex", "(", "figure", "1e", "and", "supplemental", "video", "3", ")", "and", "their", "absence", "from", "the", "medulla", "(", "figure", "1f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "despite", "previous", "reports", "of", "subc", "##aps", "##ular", "lymphatic", "##s", "(", "42", ",", "43", ")", ",", "these", "were", "not", "detected", "in", "3d", "reconstructions", "(", "figure", "1g", ")", "or", "optical", "z", "-", "sections", "(", "supplemental", "figure", "1b", ")", ",", "even", "with", "the", "kidney", "capsule", "intact", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O" ]

[ "in", "the", "cortex", ",", "lymphatic", "##s", "followed", "ua", "##e", "-", "i", "arterioles", "toward", "glomeruli", "(", "figure", "1h", ")", ",", "extending", "terminal", "branches", "near", "mega", "##lin", "(", "lrp", "##2", ")", "proximal", "tubules", "(", "figure", "1i", ")", "and", "cal", "##bind", "##in", "1", "(", "cal", "##b1", ")", "distal", "nephron", "epithelium", "(", "figure", "1j", "and", "supplemental", "video", "4", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lymphatic", "##s", "converge", "##d", "toward", "the", "kidney", "hil", "##um", ",", "adjacent", "to", "medullary", "dol", "##ich", "##os", "bif", "##lor", "##us", "agglutin", "##in", "(", "dba", ")", "collecting", "ducts", "(", "figure", "1k", ")", "and", "um", "##od", "medullary", "tubules", "(", "supplemental", "figure", "1c", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "model", "summarizing", "these", "findings", "is", "presented", "in", "figure", "1", "l", ".", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "because", "of", "the", "rarity", "of", "lymphatic", "##s", "in", "the", "human", "kidney", "relative", "to", "other", "cell", "types", ",", "isolating", "sufficient", "lec", "##s", "for", "molecular", "profiling", "is", "challenging", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "sur", "##mo", "##unt", "this", ",", "we", "lever", "##aged", "published", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "59", "kidneys", ",", "supplemented", "with", "5", "new", "samples", "(", "supplemental", "figure", "2a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "integrated", "dataset", "comprised", "217", ",", "411", "human", "kidney", "cells", ",", "with", "151", ",", "038", "control", "samples", "(", "living", "donor", "biopsies", "or", "unaffected", "regions", "of", "tumour", "neph", "##rect", "##om", "##ies", ")", "and", "66", ",", "373", "cells", "from", "diseased", "samples", "(", "chronic", "kidney", "disease", ",", "ckd", ")", "and", "kidney", "allograft", "injury", ";", "covering", "both", "chronic", "rejection", "and", "non", "-", "allo", "##immune", "etiologies", ")", "(", "supplemental", "figure", "2b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "cell", "types", "were", "manually", "annotate", "d", "(", "supplemental", "figure", "2c", ")", ",", "revealing", "38", "clusters", "(", "figure", "2a", ")", ",", "including", "a", "transcriptionally", "distinc", "t", "lec", "cluster", "containing", "700", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "from", "control", "samples", ",", "we", "curate", "d", "a", "transcriptional", "signature", "of", "healthy", "kidney", "lymphatic", "##s", "(", "supplemental", "data", "1", ")", ",", "comprising", "227", "differentially", "expressed", "genes", "(", "degs", ")", "from", "295", "lec", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "these", "genes", "were", "enriched", "for", "gene", "ontology", "(", "go", ")", "terms", "associated", "with", "lymphatic", "fate", "commitment", "(", "go", ":", "006", "##08", "##38", ",", "fold", "-", "enrichment", ">", "100", ",", "fdr", "=", "1", ".", "66", "×", "10", ")", "and", "lymphangi", "##ogenesis", "(", "go", ":", "0001", "##94", "##6", ",", "fold", "-", "enrichment", "=", "67", ".", "4", ",", "fdr", "=", "8", ".", "37", "×", "10", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "canonical", "lec", "markers", "were", "identified", ",", "including", "prox", "##1", "(", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "97", ")", ",", "pd", "##pn", "(", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "65", ")", ",", "neurop", "##ilin", "2", "(", "nr", "##p2", ",", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "73", ")", ",", "and", "c", "-", "c", "motif", "ligand", "ccl2", "##1", "(", "log", "2", "fc", "=", "7", ".", "23", ")", "(", "figure", "2b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "also", "identified", "genes", "previously", "linked", "to", "kidney", "disease", "(", "44", "–", "46", ")", ",", "such", "as", "fatty", "acid", "binding", "protein", "4", "(", "fabp", "##4", ",", "log", "2", "fc", "=", "5", ".", "69", ")", ",", "tre", "##fo", "##il", "factor", "3", "(", "tf", "##f3", ",", "log", "2", "fc", "=", "5", ".", "58", ")", ",", "and", "angio", "##po", "##iet", "##in", "2", "(", "angpt", "##2", ",", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "46", ")", "(", "figure", "2b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "given", "the", "frequent", "use", "of", "prox", "##1", "and", "ly", "##ve", "##1", "to", "identify", "or", "target", "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "preclinical", "studies", "(", "11", ",", "14", ")", ",", "we", "examined", "their", "expression", "within", "the", "human", "kidney", "in", "more", "detail", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "prox", "##1", "was", "detected", "not", "only", "in", "lec", "##s", ",", "but", "also", "in", "loop", "of", "hen", "##le", "and", "distal", "conv", "##ol", "##uted", "tubule", "clusters", "(", "figure", "2b", ")", ",", "a", "finding", "validated", "by", "prox", "##1", "and", "e", "-", "cadherin", "(", "cdh1", ")", "immunolabeling", "of", "medullary", "tubules", "(", "figure", "2c", ")", "(", "47", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "contrast", "to", "mouse", "data", "(", "38", ",", "48", ")", ",", "prox", "##1", "was", "not", "detected", "in", "vas", "##a", "rect", "##a", "at", "both", "the", "transcript", "(", "figure", "2b", ")", "and", "protein", "level", "(", "figure", "2d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ly", "##ve", "##1", ",", "meanwhile", ",", "was", "expressed", "by", "macrophages", "(", "figure", "2e", ")", "as", "reported", "in", "mouse", "(", "49", ")", "and", "human", "kidneys", "(", "50", ")", ",", "and", "it", "was", "also", "detected", "in", "glomerular", "(", "figure", "2f", ")", "and", "peri", "##t", "##ub", "##ular", "capillary", "endothelium", "(", "supplemental", "figure", "1", ",", "d", "–", "e", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "probe", "the", "phenotype", "of", "human", "kidney", "lymphatic", "##s", ",", "and", "whether", "the", "vessels", "we", "detected", "included", "smooth", "muscle", "–", "lined", "collecting", "vessels", "(", "51", ")", "as", "in", "the", "lungs", "(", "52", ")", "and", "skin", "and", "mes", "##enter", "##y", "(", "53", ")", ",", "we", "costa", "##ined", "kidneys", "for", "pd", "##pn", "and", "α", "-", "smooth", "muscle", "actin", "(", "acta", "##2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "both", "hil", "##um", "and", "cortex", "lacked", "smooth", "muscle", "coverage", "(", "figure", "2", ",", "g", "and", "h", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "corroborated", "this", "using", "subcl", "##uster", "##ing", "analysis", "of", "our", "scr", "##na", "-", "seq", "atlas", ",", "combining", "295", "lec", "##s", "from", "healthy", "kidney", "with", "157", "additional", "cells", "from", "a", "recent", "study", "(", "54", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "revealed", "2", "transcriptionally", "distinc", "t", "lec", "subcl", "##usters", "(", "figure", "2i", ")", ",", "which", "expressed", "lec", "capillary", "markers", "prox", "##1", ",", "pd", "##pn", ",", "and", "ccl2", "##1", "(", "figure", "2j", ")", "with", "sparse", "ly", "##ve", "##1", "expression", ",", "consistent", "with", "our", "imaging", "data", "(", "figure", "1d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "only", "rare", "cells", ",", "not", "specific", "for", "either", "subcl", "##uster", ",", "expressed", "molecular", "markers", "of", "lymphatic", "valve", "endothelial", "cells", ",", "gata", "##2", "and", "fox", "##c2", "(", "figure", "2j", ")", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "differential", "expression", "analysis", "between", "the", "2", "capillary", "subcl", "##usters", "identified", "129", "degs", "(", "supplemental", "data", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "one", "subcl", "##uster", "was", "enriched", "for", "adipose", "signaling", "peptide", "neurot", "##ensin", "(", "nts", ",", "log", "2", "fc", "=", "3", ".", "60", ")", "(", "55", ")", ",", "and", "the", "other", "expressed", "ccl2", "(", "log", "2", "fc", "=", "3", ".", "30", ")", ",", "cxcl", "##2", "(", "log", "2", "fc", "=", "4", ".", "22", ")", ",", "and", "icam", "##1", "(", "log", "2", "fc", "=", "4", ".", "15", ")", "(", "figure", "2k", ")", ",", "indicative", "of", "capillaries", "involved", "in", "immune", "cell", "egr", "##ess", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "investigate", "if", ",", "akin", "to", "their", "blood", "vascular", "counterparts", ",", "kidney", "lymphatic", "##s", "possess", "an", "organ", "-", "specific", "signature", "(", "56", ",", "57", ")", ",", "we", "created", "a", "multi", "##organ", "human", "lec", "atlas", "by", "integrating", "our", "45", "##2", "kidney", "lec", "##s", "with", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "of", "lec", "##s", "from", "other", "organs", ",", "including", "skin", "(", "n", "=", "4", ",", "76", "##5", "cells", ")", "(", "58", ")", ",", "breast", "(", "n", "=", "4", ",", "99", "##1", ")", "(", "59", ")", ",", "heart", "(", "n", "=", "432", ")", "(", "60", ",", "61", ")", ",", "lung", "(", "n", "=", "1", ",", "89", "##1", ")", "(", "62", ")", ",", "and", "small", "and", "large", "intestine", "(", "n", "=", "46", "##2", "and", "47", "##1", ",", "respectively", ")", "(", "63", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "final", "dataset", "encompassed", "13", ",", "454", "lec", "##s", "from", "19", "anatomical", "sites", "(", "supplemental", "figure", "3a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "resolved", "5", "transcriptionally", "distinc", "t", "subcl", "##usters", "(", "figure", "3a", "and", "supplemental", "data", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "four", "subcl", "##usters", "expressed", "lymphatic", "capillary", "markers", "ccl2", "##1", "and", "ly", "##ve", "##1", ",", "while", "the", "fifth", "expressed", "lymphatic", "valve", "markers", "fox", "##c2", "and", "integrin", "alpha", "9", "(", "itg", "##a", "##9", ")", "(", "supplemental", "figure", "3b", ")", "(", "64", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "visceral", "organ", "–", "derived", "lec", "##s", "(", "kidney", ",", "heart", ",", "lung", ",", "intestines", ")", "were", "predominantly", "grouped", "within", "1", "subcl", "##uster", "(", "lec", "1", ")", ",", "whereas", "breast", "lymphatic", "##s", "were", "found", "in", "lec", "1", ",", "lec", "2", ",", "and", "lec", "3", ",", "and", "skin", "lymphatic", "##s", "in", "lec", "2", ",", "lec", "3", ",", "and", "lec", "4", "(", "figure", "3b", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "spatial", "segregation", "was", "reflected", "in", "predicted", "transcription", "factor", "activity", "(", "supplemental", "figure", "3c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "comparative", "analysis", "(", "supplemental", "data", "4", ")", "identified", "118", "degs", "upregulated", "in", "kidney", "lec", "##s", "compared", "with", "other", "organs", "(", "figure", "3c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "top", "kidney", "lymphatic", "-", "enriched", "genes", "included", "dnase", "##1l", "##3", "(", "log", "2", "fc", "=", "3", ".", "77", ",", "p", "=", "3", ".", "24", "×", "10", ")", ",", "the", "chemok", "ine", "ccl", "##14", "(", "log", "2", "fc", "=", "3", ".", "03", ",", "p", "=", "7", ".", "00", "×", "10", ")", ",", "the", "netrin", "receptor", "unc", "##5b", "(", "log", "2", "fc", "=", "2", ".", "26", ",", "p", "=", "9", ".", "65", "×", "10", ")", ",", "the", "growth", "factor", "mid", "##kine", "(", "md", "##k", ",", "log", "2", "fc", "=", "1", ".", "98", ",", "p", "=", "5", ".", "56", "×", "10", ")", ",", "and", "the", "anti", "-", "protease", "α2", "macro", "##globulin", "(", "a2", "##m", ",", "log", "2", "fc", "=", "1", ".", "80", ",", "p", "=", "4", ".", "00", "×", "10", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "most", "of", "these", "genes", "were", "also", "expressed", "by", "blood", "endoth", "##elia", "in", "the", "kidney", ",", "whereas", "a2", "##m", "was", "also", "expressed", "by", "stromal", "cells", "(", "supplemental", "figure", "3d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "among", "the", "251", "degs", "with", "lower", "expression", "in", "kidney", "lec", "##s", "compared", "with", "those", "from", "other", "organs", "(", "figure", "3d", ")", "were", "ly", "##ve", "##1", "and", "the", "major", "neutrophil", "chemoat", "tract", "##ant", "cxcl", "##8", "(", "65", ")", ",", "the", "latter", "of", "which", "was", "also", "absent", "from", "heart", ",", "lung", ",", "and", "intestinal", "lec", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "conversely", ",", "lec", "##s", "in", "these", "visceral", "organs", "expressed", "the", "alarm", "##in", "cytokine", "il", "##33", "(", "66", ")", ",", "which", "was", "reduced", "in", "lymphatic", "##s", "of", "the", "skin", "and", "breast", "(", "figure", "3d", "and", "supplemental", "figure", "3e", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "provide", "pathological", "context", "to", "the", "kidney", "lymphatic", "degs", ",", "we", "examined", "their", "expression", "in", "neph", "##rose", "##q", ",", "a", "gene", "expression", "database", "of", "kidney", "diseases", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "dnase", "##1l", "##3", "was", "significantly", "upregulated", "in", "the", "tubul", "##o", "interstitium", "of", "patients", "with", "lupus", "nephritis", "(", "n", "=", "31", ")", "compared", "with", "controls", "(", "n", "=", "8", ",", "mean", "difference", "in", "log", "2", "express", "##io", "n", "=", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "34", "–", "1", ".", "9", ",", "p", "=", "0", ".", "001", "##3", ")", "(", "figure", "3e", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "conversely", ",", "md", "##k", "was", "significantly", "upregulated", "in", "several", "inflammatory", "and", "metabolic", "kidney", "diseases", ",", "except", "for", "minimal", "change", "disease", "(", "figure", "3f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "collectively", ",", "our", "analyses", "demonstrated", "that", "kidney", "lec", "##s", "have", "an", "organ", "-", "specific", "molecular", "profile", ",", "enriched", "for", "dnase", "##1l", "##3", ",", "md", "##k", ",", "and", "ccl", "##14", ",", "with", "reduced", "expression", "of", "canonical", "immune", "trafficking", "markers", "such", "as", "ly", "##ve", "##1", "and", "cxcl", "##8", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lymphangi", "##ogenesis", "has", "been", "observed", "during", "transplant", "rejection", "in", "both", "rodent", "models", "(", "23", ",", "25", ",", "31", ",", "67", ")", "and", "humans", "(", "24", ",", "26", "–", "28", ")", ",", "but", "whether", "this", "is", "protective", "or", "promotes", "allo", "##immun", "##ity", "remains", "unclear", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "investigate", "this", "in", "the", "human", "context", ",", "we", "profiled", "kidney", "transplants", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "a", "setting", "in", "which", "both", "donor", "-", "specific", "antibod", "ie", "##s", "and", "t", "cells", "target", "hla", "molecular", "expressed", "on", "tubular", "epithelial", "and", "blood", "endothelial", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "we", "analyzed", "3", "allografts", "with", "histological", "features", "consistent", "with", "chronic", "mixed", "rejection", ",", "including", "t", "cell", "–", "and", "antibod", "y", "-", "mediated", "injury", "(", "supplemental", "table", "2", ")", ",", "and", "compared", "them", "with", "control", "kidneys", "obtained", "from", "nontrans", "##plant", "##ed", "donor", "organs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "in", "reject", "##ing", "allografts", ",", "the", "lymphatic", "vascular", "network", "exhibited", "marked", "disor", "gan", "##ization", ",", "with", "loss", "of", "the", "hierarchical", "structure", "observed", "in", "controls", "(", "figure", "4a", ")", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "quantitative", "analysis", "revealed", "a", "7", "-", "fold", "increase", "in", "mean", "lymphatic", "vessel", "density", "(", "95", ".", "12", "±", "49", ".", "21", "vs", ".", "690", ".", "3", "±", "121", ".", "6", "vessels", "/", "mm", ",", "p", "=", "0", ".", "001", "##4", ")", ",", "accompanied", "by", "reductions", "in", "the", "distribution", "of", "vessel", "lengths", "(", "median", "difference", "=", "132", "vs", ".", "68", ".", "4", "μm", ",", "p", "=", "0", ".", "0001", ")", ",", "vessel", "radius", "(", "9", ".", "05", "vs", ".", "4", ".", "9", "μm", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", ",", "and", "branching", "angle", "(", "112", "versus", "103", ",", "p", "<", "0", ".", "0001", ")", "(", "figure", "4b", "and", "supplemental", "videos", "5", "and", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "notably", ",", "lymphatic", "vessels", "also", "infiltrated", "the", "allograft", "medulla", ",", "a", "region", "devoid", "of", "lymphatic", "##s", "in", "healthy", "kidneys", "(", "figure", "4", ",", "c", "and", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "lec", "-", "cell", "junctions", "are", "key", "regulators", "of", "immune", "cell", "trafficking", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "homeostasis", ",", "these", "junctions", "form", "discontinuous", "“", "button", "-", "like", "”", "structures", "that", "facilitate", "leukocyte", "entry", "into", "lymphatic", "##s", ",", "whereas", "during", "chronic", "inflammation", ",", "they", "transition", "into", "continuous", "“", "zipper", "-", "like", "”", "formation", "##s", "that", "impair", "lymphatic", "drainage", "(", "68", "–", "70", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "given", "the", "accumulation", "of", "infiltrating", "lymphocytes", "in", "chronically", "reject", "##ing", "grafts", "(", "71", "–", "73", ")", ",", "we", "hypothesized", "that", "altered", "lymphatic", "junctional", "architecture", "might", "be", "a", "feature", "of", "rejection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "assess", "this", ",", "we", "immunostained", "for", "vascular", "endothelial", "cadherin", "(", "cdh", "##5", ")", ",", "a", "key", "component", "of", "endothelial", "junctions", "(", "supplemental", "video", "7", ")", ",", "and", "used", "pd", "##pn", "to", "disting", "ui", "##sh", "lymphatic", "##s", "from", "blood", "vessels", "(", "supplemental", "figure", "4", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "discontinuous", "cdh", "##5", "lec", "junctions", "were", "quantified", "in", "both", "control", "(", "figure", "4e", ")", "and", "chronic", "rejection", "(", "figure", "4f", ")", "samples", ",", "and", "values", "were", "normalized", "to", "total", "lymphatic", "network", "volume", "(", "figure", "4g", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "observed", "a", "reduction", "in", "disconn", "##ected", "(", "button", "-", "like", ")", "junctions", "in", "reject", "##ing", "allografts", "compared", "with", "controls", "(", "figure", "4h", ",", "mean", "difference", "=", "2", ".", "7", "×", "10", "±", "7", ".", "3", "×", "10", "cdh", "##5", "junctions", "per", "mm", "lymphatic", "vessel", ")", ",", "consistent", "with", "a", "shift", "toward", "a", "zipper", "-", "like", "configuration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "given", "the", "structural", "perturbation", "of", "kidney", "lymphatic", "##s", "in", "reject", "##ing", "allografts", ",", "we", "next", "examined", "their", "spatial", "relationship", "to", "organized", "immune", "responses", "within", "chronic", "rejection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "hallmark", "of", "allo", "##immun", "##ity", "is", "the", "formation", "of", "tertiary", "lymphoid", "structures", "(", "tls", "##s", ")", ",", "ectopic", "lymph", "node", "–", "like", "aggregation", "##s", "of", "t", "cells", "and", "b", "cells", ",", "where", "follicular", "dcs", "and", "high", "endothelial", "ven", "##ules", "(", "hev", "##s", ")", "also", "develop", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "tls", "##s", "facilitate", "local", "antigen", "presentation", "and", "lymphocyte", "activation", ",", "and", "they", "have", "been", "associated", "with", "progressive", "graft", "injury", "and", "dysfunction", "(", "74", "–", "79", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "using", "tripl", "e", "immunolabeling", ",", "we", "found", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "were", "observed", "close", "to", "cd4", "t", "cell", "–", "and", "cd20", "b", "cell", "–", "rich", "aggregates", "(", "figure", "5a", ")", "in", "3", "reject", "##ing", "allografts", ",", "consistent", "with", "previous", "reports", "(", "26", "–", "28", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "assess", "the", "relationship", "between", "lymphatic", "##s", "and", "tls", "maturation", ",", "we", "examined", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "relative", "to", "cd2", "##1", "follicular", "dcs", "and", "peripheral", "lymph", "node", "address", "##in", "(", "pna", "##d", ")", "hev", "##s", ",", "the", "latter", "serving", "as", "a", "marker", "of", "mature", "tls", "(", "67", ",", "80", ",", "81", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "lymphatic", "network", "in", "reject", "##ing", "allografts", "interconnected", "multiple", "mature", "tls", "##s", "containing", "hev", "##s", "(", "figure", "5b", "and", "supplemental", "video", "8", ")", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "such", "connections", "were", "not", "detected", "between", "cd31", "vessels", "(", "supplemental", "figure", "5a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "spatiotemporal", "analysis", "revealed", "that", "all", "identified", "tls", "##s", "were", "near", "lymphatic", "vessels", "(", "figure", "5c", ")", "(", "n", "=", "9", "/", "9", ",", "100", "%", ")", ",", "whereas", "only", "half", "contained", "hev", "##s", "(", "n", "=", "5", "/", "9", ",", "55", ".", "6", "%", ",", "p", "=", "0", ".", "023", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "mature", "tls", "##s", "with", "hev", "##s", ",", "pd", "##pn", "lec", "##s", "were", "significantly", "closer", "to", "the", "tls", "core", "than", "hev", "##s", "(", "figure", "5d", ",", "mean", "distance", "=", "49", ".", "53", "±", "23", ".", "83", "μm", "vs", ".", "109", ".", "6", "±", "25", ".", "13", "μm", ",", "95", "%", "ci", "=", "24", ".", "33", "–", "95", ".", "76", ",", "p", "=", "0", ".", "004", "##7", ")", ",", "suggesting", "that", "lymphatic", "##s", "are", "an", "early", "feature", "of", "tls", "organization", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "explore", "lymphatic", "-", "lymphocyte", "relationships", "beyond", "defined", "tls", "regions", ",", "we", "performed", "3d", "imaging", "and", "spatial", "quantification", "of", "pd", "##pn", "lymphatic", "##s", "relative", "to", "cd20", "b", "cells", "and", "cd4", "t", "cells", "(", "figure", "6", ",", "a", "and", "b", ",", "and", "supplemental", "video", "9", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "intraluminal", "cd20", "b", "cell", "density", "was", "reduced", "by", "half", "in", "reject", "##ing", "allografts", "compared", "with", "controls", "(", "figure", "6c", ")", ",", "although", "total", "b", "cell", "numbers", "were", "equivocal", ",", "suggesting", "that", "this", "reflects", "increased", "lymphatic", "volume", "rather", "than", "changes", "in", "b", "cell", "abundance", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "contrast", ",", "total", "intraluminal", "cd4", "t", "cells", "increased", "in", "reject", "##ing", "kidneys", ",", "with", "a", "3", "-", "fold", "increase", "in", "cd4", "t", "cell", "density", "(", "figure", "6d", ")", "relative", "to", "controls", ",", "a", "markedly", "higher", "density", "than", "was", "detected", "in", "the", "surrounding", "allograft", "parenchyma", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "to", "further", "assess", "how", "lymphocyte", "position", "relative", "to", "lymphatic", "##s", "is", "altered", "in", "rejection", ",", "we", "performed", "spatial", "statistical", "analysis", ",", "by", "computing", "a", "normalized", "distance", "metric", "for", "each", "b", "cell", "(", "figure", "6e", ")", "and", "t", "cell", "(", "figure", "6f", ")", "to", "its", "nearest", "lymphatic", "vessel", ",", "and", "comparing", "this", "to", "a", "null", "model", "of", "random", "spatial", "distribution", "(", "82", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cd20", "b", "cells", "showed", "no", "significant", "spatial", "association", "with", "lymphatic", "##s", "in", "either", "control", "kidneys", "(", "n", "=", "70", "##3", "cells", ";", "p", "=", "0", ".", "63", "##1", ")", "or", "reject", "##ing", "allografts", "(", "n", "=", "2", ",", "96", "##3", "cells", ";", "p", "=", "0", ".", "326", ")", "(", "figure", "6g", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "cd4", "t", "cells", "(", "n", "=", "2", ",", "149", "cells", "across", "2", "controls", ")", "had", "a", "peak", "distribution", "within", "0", "–", "100", "μm", "from", "the", "nearest", "lymphatic", "vessel", "and", "were", "significantly", "enriched", "near", "lymphatic", "vessels", "compared", "with", "a", "random", "distribution", "(", "p", "=", "0", ".", "029", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "association", "was", "lost", "in", "reject", "##ing", "allografts", "(", "n", "=", "4", ",", "382", "cells", ",", "p", "=", "0", ".", "69", "##9", ")", "(", "figure", "6h", ")", ",", "indicating", "disrup", "ted", "t", "cell", "–", "lymphatic", "proximity", "in", "the", "context", "of", "chronic", "rejection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##358", "##38", "having", "established", "that", "lymphatic", "##s", "are", "structurally", "perturbed", "and", "spatially", "associated", "with", "immune", "aggregates", "in", "chronic", "rejection", ",", "we", "next", "investigated", "whether", "lec", "##s", "in", "this", "setting", "exhibit", "an", "altered", "molecular", "profile", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

Datasets:

OTAR3088
/

AL_Test_data_IOB

Proposed Active Learning Data split

Overview

This BIO format has been generated using a Biomedical transformer-based tokenizer for consistency with downstream model training.

Intended Use

Primary Use

Not Intended For