| |
| |
| |
|
|
| chain_types = [ |
| "PROTEIN", |
| "DNA", |
| "RNA", |
| "NONPOLYMER", |
| ] |
| chain_type_ids = {chain: i for i, chain in enumerate(chain_types)} |
|
|
| out_types = [ |
| "dna_protein", |
| "rna_protein", |
| "ligand_protein", |
| "dna_ligand", |
| "rna_ligand", |
| "intra_ligand", |
| "intra_dna", |
| "intra_rna", |
| "intra_protein", |
| "protein_protein", |
| "modified", |
| ] |
|
|
| out_types_weights_af3 = { |
| "dna_protein": 10.0, |
| "rna_protein": 10.0, |
| "ligand_protein": 10.0, |
| "dna_ligand": 5.0, |
| "rna_ligand": 5.0, |
| "intra_ligand": 20.0, |
| "intra_dna": 4.0, |
| "intra_rna": 16.0, |
| "intra_protein": 20.0, |
| "protein_protein": 20.0, |
| "modified": 0.0, |
| } |
|
|
| out_types_weights = { |
| "dna_protein": 5.0, |
| "rna_protein": 5.0, |
| "ligand_protein": 20.0, |
| "dna_ligand": 2.0, |
| "rna_ligand": 2.0, |
| "intra_ligand": 20.0, |
| "intra_dna": 2.0, |
| "intra_rna": 8.0, |
| "intra_protein": 20.0, |
| "protein_protein": 20.0, |
| "modified": 0.0, |
| } |
|
|
|
|
| out_single_types = ["protein", "ligand", "dna", "rna"] |
|
|
| clash_types = [ |
| "dna_protein", |
| "rna_protein", |
| "ligand_protein", |
| "protein_protein", |
| "dna_ligand", |
| "rna_ligand", |
| "ligand_ligand", |
| "rna_dna", |
| "dna_dna", |
| "rna_rna", |
| ] |
|
|
| chain_types_to_clash_type = { |
| frozenset(("PROTEIN", "DNA")): "dna_protein", |
| frozenset(("PROTEIN", "RNA")): "rna_protein", |
| frozenset(("PROTEIN", "NONPOLYMER")): "ligand_protein", |
| frozenset(("PROTEIN",)): "protein_protein", |
| frozenset(("NONPOLYMER", "DNA")): "dna_ligand", |
| frozenset(("NONPOLYMER", "RNA")): "rna_ligand", |
| frozenset(("NONPOLYMER",)): "ligand_ligand", |
| frozenset(("DNA", "RNA")): "rna_dna", |
| frozenset(("DNA",)): "dna_dna", |
| frozenset(("RNA",)): "rna_rna", |
| } |
|
|
| chain_type_to_out_single_type = { |
| "PROTEIN": "protein", |
| "DNA": "dna", |
| "RNA": "rna", |
| "NONPOLYMER": "ligand", |
| } |
| |
| |
| |
|
|
|
|
| canonical_tokens = [ |
| "ALA", |
| "ARG", |
| "ASN", |
| "ASP", |
| "CYS", |
| "GLN", |
| "GLU", |
| "GLY", |
| "HIS", |
| "ILE", |
| "LEU", |
| "LYS", |
| "MET", |
| "PHE", |
| "PRO", |
| "SER", |
| "THR", |
| "TRP", |
| "TYR", |
| "VAL", |
| "UNK", |
| ] |
|
|
| tokens = [ |
| "<pad>", |
| "-", |
| *canonical_tokens, |
| "A", |
| "G", |
| "C", |
| "U", |
| "N", |
| "DA", |
| "DG", |
| "DC", |
| "DT", |
| "DN", |
| ] |
|
|
| token_ids = {token: i for i, token in enumerate(tokens)} |
| num_tokens = len(tokens) |
| unk_token = {"PROTEIN": "UNK", "DNA": "DN", "RNA": "N"} |
| unk_token_ids = {m: token_ids[t] for m, t in unk_token.items()} |
|
|
| prot_letter_to_token = { |
| "A": "ALA", |
| "R": "ARG", |
| "N": "ASN", |
| "D": "ASP", |
| "C": "CYS", |
| "E": "GLU", |
| "Q": "GLN", |
| "G": "GLY", |
| "H": "HIS", |
| "I": "ILE", |
| "L": "LEU", |
| "K": "LYS", |
| "M": "MET", |
| "F": "PHE", |
| "P": "PRO", |
| "S": "SER", |
| "T": "THR", |
| "W": "TRP", |
| "Y": "TYR", |
| "V": "VAL", |
| "X": "UNK", |
| "J": "UNK", |
| "B": "UNK", |
| "Z": "UNK", |
| "O": "UNK", |
| "U": "UNK", |
| "-": "-", |
| } |
|
|
| prot_token_to_letter = {v: k for k, v in prot_letter_to_token.items()} |
| prot_token_to_letter["UNK"] = "X" |
|
|
| rna_letter_to_token = { |
| "A": "A", |
| "G": "G", |
| "C": "C", |
| "U": "U", |
| "N": "N", |
| } |
| rna_token_to_letter = {v: k for k, v in rna_letter_to_token.items()} |
|
|
| dna_letter_to_token = { |
| "A": "DA", |
| "G": "DG", |
| "C": "DC", |
| "T": "DT", |
| "N": "DN", |
| } |
| dna_token_to_letter = {v: k for k, v in dna_letter_to_token.items()} |
|
|
| |
| |
| |
|
|
| num_elements = 128 |
|
|
| chirality_types = [ |
| "CHI_UNSPECIFIED", |
| "CHI_TETRAHEDRAL_CW", |
| "CHI_TETRAHEDRAL_CCW", |
| "CHI_SQUAREPLANAR", |
| "CHI_OCTAHEDRAL", |
| "CHI_TRIGONALBIPYRAMIDAL", |
| "CHI_OTHER", |
| ] |
| chirality_type_ids = {chirality: i for i, chirality in enumerate(chirality_types)} |
| unk_chirality_type = "CHI_OTHER" |
|
|
| hybridization_map = [ |
| "S", |
| "SP", |
| "SP2", |
| "SP2D", |
| "SP3", |
| "SP3D", |
| "SP3D2", |
| "OTHER", |
| "UNSPECIFIED", |
| ] |
| hybridization_type_ids = {hybrid: i for i, hybrid in enumerate(hybridization_map)} |
| unk_hybridization_type = "UNSPECIFIED" |
|
|
| |
| ref_atoms = { |
| "PAD": [], |
| "UNK": ["N", "CA", "C", "O", "CB"], |
| "-": [], |
| "ALA": ["N", "CA", "C", "O", "CB"], |
| "ARG": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "NE", "CZ", "NH1", "NH2"], |
| "ASN": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "OD1", "ND2"], |
| "ASP": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "OD1", "OD2"], |
| "CYS": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "SG"], |
| "GLN": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "OE1", "NE2"], |
| "GLU": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "OE1", "OE2"], |
| "GLY": ["N", "CA", "C", "O"], |
| "HIS": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "ND1", "CD2", "CE1", "NE2"], |
| "ILE": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG1", "CG2", "CD1"], |
| "LEU": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2"], |
| "LYS": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD", "CE", "NZ"], |
| "MET": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "SD", "CE"], |
| "PHE": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ"], |
| "PRO": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD"], |
| "SER": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "OG"], |
| "THR": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "OG1", "CG2"], |
| "TRP": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "NE1", "CE2", "CE3", "CZ2", "CZ3", "CH2"], |
| "TYR": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG", "CD1", "CD2", "CE1", "CE2", "CZ", "OH"], |
| "VAL": ["N", "CA", "C", "O", "CB", "CG1", "CG2"], |
| "A": ["P", "OP1", "OP2", "O5'", "C5'", "C4'", "O4'", "C3'", "O3'", "C2'", "O2'", "C1'", "N9", "C8", "N7", "C5", "C6", "N6", "N1", "C2", "N3", "C4"], |
| "G": ["P", "OP1", "OP2", "O5'", "C5'", "C4'", "O4'", "C3'", "O3'", "C2'", "O2'", "C1'", "N9", "C8", "N7", "C5", "C6", "O6", "N1", "C2", "N2", "N3", "C4"], |
| "C": ["P", "OP1", "OP2", "O5'", "C5'", "C4'", "O4'", "C3'", "O3'", "C2'", "O2'", "C1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "C5", "C6"], |
| "U": ["P", "OP1", "OP2", "O5'", "C5'", "C4'", "O4'", "C3'", "O3'", "C2'", "O2'", "C1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "O4", "C5", "C6"], |
| "N": ["P", "OP1", "OP2", "O5'", "C5'", "C4'", "O4'", "C3'", "O3'", "C2'", "O2'", "C1'"], |
| "DA": ["P", "OP1", "OP2", "O5'", "C5'", "C4'", "O4'", "C3'", "O3'", "C2'", "C1'", "N9", "C8", "N7", "C5", "C6", "N6", "N1", "C2", "N3", "C4"], |
| "DG": ["P", "OP1", "OP2", "O5'", "C5'", "C4'", "O4'", "C3'", "O3'", "C2'", "C1'", "N9", "C8", "N7", "C5", "C6", "O6", "N1", "C2", "N2", "N3", "C4"], |
| "DC": ["P", "OP1", "OP2", "O5'", "C5'", "C4'", "O4'", "C3'", "O3'", "C2'", "C1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "N4", "C5", "C6"], |
| "DT": ["P", "OP1", "OP2", "O5'", "C5'", "C4'", "O4'", "C3'", "O3'", "C2'", "C1'", "N1", "C2", "O2", "N3", "C4", "O4", "C5", "C7", "C6"], |
| "DN": ["P", "OP1", "OP2", "O5'", "C5'", "C4'", "O4'", "C3'", "O3'", "C2'", "C1'"] |
| } |
|
|
| protein_backbone_atom_names = ["N", "CA", "C", "O"] |
| nucleic_backbone_atom_names = ["P", "OP1", "OP2", "O5'", "C5'", "C4'", "O4'", "C3'", "O3'", "C2'", "O2'", "C1'"] |
|
|
| protein_backbone_atom_index = {name: i for i, name in enumerate(protein_backbone_atom_names)} |
| nucleic_backbone_atom_index = {name: i for i, name in enumerate(nucleic_backbone_atom_names)} |
|
|
| ref_symmetries = { |
| "PAD": [], |
| "ALA": [], |
| "ARG": [], |
| "ASN": [], |
| "ASP": [[(6, 7), (7, 6)]], |
| "CYS": [], |
| "GLN": [], |
| "GLU": [[(7, 8), (8, 7)]], |
| "GLY": [], |
| "HIS": [], |
| "ILE": [], |
| "LEU": [], |
| "LYS": [], |
| "MET": [], |
| "PHE": [[(6, 7), (7, 6), (8, 9), (9, 8)]], |
| "PRO": [], |
| "SER": [], |
| "THR": [], |
| "TRP": [], |
| "TYR": [[(6, 7), (7, 6), (8, 9), (9, 8)]], |
| "VAL": [], |
| "A": [[(1, 2), (2, 1)]], |
| "G": [[(1, 2), (2, 1)]], |
| "C": [[(1, 2), (2, 1)]], |
| "U": [[(1, 2), (2, 1)]], |
| |
| "DA": [[(1, 2), (2, 1)]], |
| "DG": [[(1, 2), (2, 1)]], |
| "DC": [[(1, 2), (2, 1)]], |
| "DT": [[(1, 2), (2, 1)]], |
| |
| } |
|
|
|
|
| res_to_center_atom = { |
| "UNK": "CA", |
| "ALA": "CA", |
| "ARG": "CA", |
| "ASN": "CA", |
| "ASP": "CA", |
| "CYS": "CA", |
| "GLN": "CA", |
| "GLU": "CA", |
| "GLY": "CA", |
| "HIS": "CA", |
| "ILE": "CA", |
| "LEU": "CA", |
| "LYS": "CA", |
| "MET": "CA", |
| "PHE": "CA", |
| "PRO": "CA", |
| "SER": "CA", |
| "THR": "CA", |
| "TRP": "CA", |
| "TYR": "CA", |
| "VAL": "CA", |
| "A": "C1'", |
| "G": "C1'", |
| "C": "C1'", |
| "U": "C1'", |
| "N": "C1'", |
| "DA": "C1'", |
| "DG": "C1'", |
| "DC": "C1'", |
| "DT": "C1'", |
| "DN": "C1'" |
| } |
|
|
| res_to_disto_atom = { |
| "UNK": "CB", |
| "ALA": "CB", |
| "ARG": "CB", |
| "ASN": "CB", |
| "ASP": "CB", |
| "CYS": "CB", |
| "GLN": "CB", |
| "GLU": "CB", |
| "GLY": "CA", |
| "HIS": "CB", |
| "ILE": "CB", |
| "LEU": "CB", |
| "LYS": "CB", |
| "MET": "CB", |
| "PHE": "CB", |
| "PRO": "CB", |
| "SER": "CB", |
| "THR": "CB", |
| "TRP": "CB", |
| "TYR": "CB", |
| "VAL": "CB", |
| "A": "C4", |
| "G": "C4", |
| "C": "C2", |
| "U": "C2", |
| "N": "C1'", |
| "DA": "C4", |
| "DG": "C4", |
| "DC": "C2", |
| "DT": "C2", |
| "DN": "C1'" |
| } |
|
|
| res_to_center_atom_id = { |
| res: ref_atoms[res].index(atom) |
| for res, atom in res_to_center_atom.items() |
| } |
|
|
| res_to_disto_atom_id = { |
| res: ref_atoms[res].index(atom) |
| for res, atom in res_to_disto_atom.items() |
| } |
|
|
| |
|
|
| |
| |
| |
|
|
| atom_interface_cutoff = 5.0 |
| interface_cutoff = 15.0 |
|
|
| bond_types = [ |
| "OTHER", |
| "SINGLE", |
| "DOUBLE", |
| "TRIPLE", |
| "AROMATIC", |
| "COVALENT", |
| ] |
| bond_type_ids = {bond: i for i, bond in enumerate(bond_types)} |
| unk_bond_type = "OTHER" |
|
|
|
|
| |
| |
| |
|
|
|
|
| pocket_contact_info = { |
| "UNSPECIFIED": 0, |
| "UNSELECTED": 1, |
| "POCKET": 2, |
| "BINDER": 3, |
| } |
|
|
| contact_conditioning_info = { |
| "UNSPECIFIED": 0, |
| "UNSELECTED": 1, |
| "POCKET>BINDER": 2, |
| "BINDER>POCKET": 3, |
| "CONTACT": 4, |
| } |
|
|
|
|
| |
| |
| |
|
|
| max_msa_seqs = 16384 |
| max_paired_seqs = 8192 |
|
|
|
|
| |
| |
| |
|
|
| chunk_size_threshold = 384 |
|
|
| |
| |
| |
|
|
| |
| method_types_ids = { |
| "MD": 0, |
| "X-RAY DIFFRACTION": 1, |
| "ELECTRON MICROSCOPY": 2, |
| "SOLUTION NMR": 3, |
| "SOLID-STATE NMR": 4, |
| "NEUTRON DIFFRACTION": 4, |
| "ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY": 4, |
| "FIBER DIFFRACTION": 4, |
| "POWDER DIFFRACTION": 4, |
| "INFRARED SPECTROSCOPY": 4, |
| "FLUORESCENCE TRANSFER": 4, |
| "EPR": 4, |
| "THEORETICAL MODEL": 4, |
| "SOLUTION SCATTERING": 4, |
| "OTHER": 4, |
| "AFDB": 5, |
| "BOLTZ-1": 6, |
| "FUTURE1": 7, |
| "FUTURE2": 8, |
| "FUTURE3": 9, |
| "FUTURE4": 10, |
| "FUTURE5": 11, |
| } |
| method_types_ids = {k.lower(): v for k, v in method_types_ids.items()} |
| num_method_types = len(set(method_types_ids.values())) |
|
|
| |
| temperature_bins = [(265, 280), (280, 295), (295, 310)] |
| temperature_bins_ids = {temp: i for i, temp in enumerate(temperature_bins)} |
| temperature_bins_ids["other"] = len(temperature_bins) |
| num_temp_bins = len(temperature_bins_ids) |
|
|
|
|
| |
| ph_bins = [(0, 6), (6, 8), (8, 14)] |
| ph_bins_ids = {ph: i for i, ph in enumerate(ph_bins)} |
| ph_bins_ids["other"] = len(ph_bins) |
| num_ph_bins = len(ph_bins_ids) |
|
|
| |
| |
| |
|
|
| |
| vdw_radii = [ |
| 1.2, 1.4, 2.2, 1.9, 1.8, 1.7, 1.6, 1.55, 1.5, 1.54, |
| 2.4, 2.2, 2.1, 2.1, 1.95, 1.8, 1.8, 1.88, 2.8, 2.4, |
| 2.3, 2.15, 2.05, 2.05, 2.05, 2.05, 2.0, 2.0, 2.0, 2.1, |
| 2.1, 2.1, 2.05, 1.9, 1.9, 2.02, 2.9, 2.55, 2.4, 2.3, |
| 2.15, 2.1, 2.05, 2.05, 2.0, 2.05, 2.1, 2.2, 2.2, 2.25, |
| 2.2, 2.1, 2.1, 2.16, 3.0, 2.7, 2.5, 2.48, 2.47, 2.45, |
| 2.43, 2.42, 2.4, 2.38, 2.37, 2.35, 2.33, 2.32, 2.3, 2.28, |
| 2.27, 2.25, 2.2, 2.1, 2.05, 2.0, 2.0, 2.05, 2.1, 2.05, |
| 2.2, 2.3, 2.3, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.4, |
| 2.0, 2.3, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, |
| 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, |
| 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0, 2.0 |
| ] |
| |
|
|
| |
| |
| |
|
|
| ligand_exclusion = { |
| "144", |
| "15P", |
| "1PE", |
| "2F2", |
| "2JC", |
| "3HR", |
| "3SY", |
| "7N5", |
| "7PE", |
| "9JE", |
| "AAE", |
| "ABA", |
| "ACE", |
| "ACN", |
| "ACT", |
| "ACY", |
| "AZI", |
| "BAM", |
| "BCN", |
| "BCT", |
| "BDN", |
| "BEN", |
| "BME", |
| "BO3", |
| "BTB", |
| "BTC", |
| "BU1", |
| "C8E", |
| "CAD", |
| "CAQ", |
| "CBM", |
| "CCN", |
| "CIT", |
| "CL", |
| "CLR", |
| "CM", |
| "CMO", |
| "CO3", |
| "CPT", |
| "CXS", |
| "D10", |
| "DEP", |
| "DIO", |
| "DMS", |
| "DN", |
| "DOD", |
| "DOX", |
| "EDO", |
| "EEE", |
| "EGL", |
| "EOH", |
| "EOX", |
| "EPE", |
| "ETF", |
| "FCY", |
| "FJO", |
| "FLC", |
| "FMT", |
| "FW5", |
| "GOL", |
| "GSH", |
| "GTT", |
| "GYF", |
| "HED", |
| "IHP", |
| "IHS", |
| "IMD", |
| "IOD", |
| "IPA", |
| "IPH", |
| "LDA", |
| "MB3", |
| "MEG", |
| "MES", |
| "MLA", |
| "MLI", |
| "MOH", |
| "MPD", |
| "MRD", |
| "MSE", |
| "MYR", |
| "N", |
| "NA", |
| "NH2", |
| "NH4", |
| "NHE", |
| "NO3", |
| "O4B", |
| "OHE", |
| "OLA", |
| "OLC", |
| "OMB", |
| "OME", |
| "OXA", |
| "P6G", |
| "PE3", |
| "PE4", |
| "PEG", |
| "PEO", |
| "PEP", |
| "PG0", |
| "PG4", |
| "PGE", |
| "PGR", |
| "PLM", |
| "PO4", |
| "POL", |
| "POP", |
| "PVO", |
| "SAR", |
| "SCN", |
| "SEO", |
| "SEP", |
| "SIN", |
| "SO4", |
| "SPD", |
| "SPM", |
| "SR", |
| "STE", |
| "STO", |
| "STU", |
| "TAR", |
| "TBU", |
| "TME", |
| "TPO", |
| "TRS", |
| "UNK", |
| "UNL", |
| "UNX", |
| "UPL", |
| "URE", |
| } |
|
|
|
|
| |
| |
| |
|
|
| min_coverage_residues = 10 |
| min_coverage_fraction = 0.1 |
|
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| |
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| |
|
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